Zapewne źle synchronizujesz :) Jak klikniesz na iPhone w iTunes, to później masz takie zakładki, typu: Podsumowanie, muzyka, filmy, książki, programy itp. Klikasz na programy a następnie w pasku z lewej strony szukasz dodanej aplikacji i klikasz instaluj. Później synchronizujesz i masz na Springboardzie. Co do gpsphone jak już go zainstalowałeś to wrzuć przez WinSCP gba_bios.bin i romy do /var/mobile/Media/ROMs/GBA/
Jak nie będzie coś działać to najlepiej dodaj
do sources. I pobierz gpSphone, gpSphone bios. Następnie wrzuć romy i git. Jeżeli nie wiesz jak używać WinSCP z iPhone'm to poszukaj w googlach. Podpowiem Ci że potrzeba Ci wifi oraz adres ip iPhone'a w sieci lokalnej, openSSH z Cydii, oraz program winscp dla twojego systemu operacyjnego(Windows zapewne). :D